1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
研究者对同年龄组的两个家庭做了跟踪调查：一对是IQ为130的天才组合，夫妻和睦，但是无嗣，正当两人准备作试管婴儿之时，男主人却在自慰中意外死亡；另一个家庭，都是IQ 80的低能夫妻，天天吵架，不过却人丁兴旺，不仅三代同堂，而且家族甚大。根据这个调查，研究者选择了一个自愿 者鲍尔斯（卢克•威尔逊 Luke Wilson 饰）做冷冻实验，不想实验出了差错，500年后他醒来后，却成为地球上最聪明的人。他被盲打误撞地选做了总统的候选人，支持他的甚至还有5届自由搏击冠军。在盛大的竞选现场，他只能硬着头皮面对选民演说，对于目前的种植、沙尘暴等问题，他提出的是灌溉这一看似离谱的解决办法。而且，还得到了选民的拥护，然而这个美梦迅速破灭了，他开始遭到谩骂、攻击，甚至是性命堪忧……
