最近，妹妹的样子有点怪

西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择…

2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場版2部作の後編。テレビ版総集編にあたる前編「過去篇」から1年後を舞台に、ヒロインの栗山未来らに起こる新たな出来事を描いた完全新作の劇場版。戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未来だったが、未来の記憶が失われてしまう。新学期を迎えても未来の記憶は戻らず、高校3年生に進級した秋人は未来の幸せを願い、彼女を避けるように生活していたが……。