近未来，神秘症状在人群间扩散，恐惧在空气中曼延。原因不明，只知感染者初期会产生骨骼变异，身体长出毛皮或鳞片，原有人类特质将逐步退化。政府束手无策，只能强制收管已兽化的感染者。方苏瓦深信挚爱的妻子还在那张突变的面孔底下，无论她被转到多远的收容所，他都带着青春期的儿子艾米搬迁跟随。尝试融入新班级的艾米，却意外发现身体也出现了难以启齿的变化⋯⋯
In a future world ruled by good-looking people, a terrorist group of mutants led by Ramon Yarritu kidnap the daughter of Orujo, a rich businessman, to claim for the rights of the ugly people. Escaping from the police in their spaceship, Ramon try to kill his gang in order to get all the ransom. The trip ends abruptly when they crash in Axturiax, the planet of the crazy miners where no woman lives
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
