故事的主角是五个无恶不作的坏蛋——风度翩翩的扒手“大坏狼”、见多识广的保险箱窃贼“贪心蛇”、冷静沉稳的伪装大师“美肚鲨”、暴躁易怒的打手“食人鱼”、伶牙俐齿的黑客专家“骇客蛛”闪亮登场，他们是最臭名昭著的“坏蛋联盟”。他们平时威风八面，四处作案，令人闻风丧胆。直到某一天，他们突然想成为模范公民，然而转型路途甚是艰难，且意外层出不穷，令人啼笑皆非。
「キルラキル」「ニンジャスレイヤー フロムアニメイシヨン」といった話題作を手がける気鋭のアニメーションスタジオ・TRIGGERによるオリジナル劇場用作品。2013年、文化庁の若手アニメーター育成事業「アニメミライ」で発表された短編「リトルウィッチアカデミア」の続編となり、製作資金を米クラウドファンディングサイト「Kickstarter」を通じて募り、世界各国のファンから約7400万円が寄せられて実現した。幼い頃に見た魔女に憧れ、ヨーロッパの魔女育成名門校「ルーナノヴァ魔法学校」に入学したアッコだが、いまだにホウキにも乗れないどころか、騒動を起こしてばかり。罰として、友人のロッテ、スーシィと一緒に、魔女の歴史を再現したパレードに参加させられることに。パレードを成功させなければ落第は決定だが、どうせやるならハッピーなものにしたいと、アッコは街全体を巻き込んだパレードを計画するが……。
